Program studi magister PGMI, berdiri pada tahun 2008 waktu itu masih di pacsa sarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Tahun 2013 memperoleh akreditasi dengan predikat B dengan secor 347. Pada tahun 2018 reakreditasi mendapat secor akreditasi 370 dengan predikat unggul (A). Ada beberapa alasan mendasar mengenai pentingnya integrasi S1 dan S2 ke dalam fakultas sebagai induk pengembangan keilmuan:Pertama, integrasi S1, dan  S2  akan memudahkan dalam membuat garis linearitas keilmuan antara jenjang strata satu dan strata dua, sehingga ilmu yang dikembangkan bersifat terpadu dan utuh.Keutuhan pengembangan keilmuan ini tentu akan lebih mudah dilakukan jika semua jenjang pendidikan Antara S1 dan S2 disatukan dalam satu induk pengembangan ilmu yaitu fakultas.

Dalam penyelenggaraan pendidikan yang terintegrasi antara S1 dan S2 tidak tertutup kemungkinan bahwa pada masing-masing jenjang terdapat matakuliah yang sama, namunkeluasan dan kedalamannya berbeda. Dengan bahasa lain, meskipun nama matakuliahnya sama, tapi bobot akademiknya berbeda, misalnya, pada level sarjana strata satukajian keilmuan masih terbatas pada analisa deskriptif, sedang pada jenjang strata dua lebih menekankan pada aspek analisa kritis dan evaluatif. Dengan demikian, integrasi S1 dan S2 untuk bidang keilmuan mono-disiplin pada satu fakultas akan memudahkan dalam memformulasi kurikulum yang terintegrasi, sehingga tidak ada tumpang tindih antara satu bidang ilmu dengan bidang yang lain, dan mahasiswa sebagai pembelajar akan mampu membangun dan menguasai bidang ilmunya secara utuh.Kedua, penyatuan S1, dan S2 dalam satu induk fakultas akan memudahkan pengelolaan dan pengembangan keilmuan dan kelembagaannya. Sebaliknya, pemisahan jenjang Sarjana dan Pascasarjana dalam pengelolaan kelembagaanyang berbedajustru membuat dua jenjang ini seolah-olah beda sama sekali, padahal substansi keilmuan yang dikembangkan kontinuitas. Secara operasional, pengelolaan jenjang strata satu dan strata dua (pascasarjana)yang diintegrasikan pada fakultas akan tercipta tata kelola yang baik (good governance), efektif dan efisien.Ketiga, pengelolaan jenjang strata satu dan strata dua (fakultas dan pascasarjana) yang dilakukansecara terpisah sebagaimana terjadi selama ini, di samping menghadapi problem keilmuan, jugaterbukti menghadapi berbagai persoalan, di antaranyaialah: (a) dosen yang mengajar di Pascasarjana tidak memiliki status beban tugas yang jelas jika dikaitkan dengan Beban Kinerja Dosen (BKD), karena tidak ada satupun dosen yang berstatus sebagai dosen Pascasarjana. Semua dosen Pascasarjana berstatus sebagai dosen program studi jenjang strata satu di fakultas; (b) Ketidakjelasan status maupun beban tugas dosen tersebut akan menimbulkan masalah berkaitan dengan pertanggungjawaban sistem penggajian, dan akan menjadi temuan dalam audit keuangan, baik oleh Irjen Kementerian Agama maupun BPK; (c) Pascasarjana tidak memiliki dosen tetap, karena semua dosen tetap base camp-nya di jenjang strata satu yang ada di fakultas, sehingga menjadi masalah dalam PDPT (PD DIKTI) dan lulusannya tidak dapat diakui karena tidak terdaftar dalam PDPT (PD DIKTI). Hal ini akan menjadi masalah yang krusial dan berkepanjangan apabila penyelenggaraan pendidikan jenjang strata dua (S2) terpisah dari jenjang strata satu (S1) yang ada di fakultas.

Dari pemikiran di atas dapat disimpulkan bahwa integrasi penyelenggaraan program studi jenjang strata dua (S2) di fakultas untuk disiplin ilmu linear (monodisipliner)merupakan keniscayaan yang dilakukan segera. Berkenaan dengan itu, kebijakan Rektor mengintegrasikan Pascasarjana ke fakultas untuk program studi yang linear antara S2 dengan S1 sebagaimana dituangkan dalam Surat Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor 49 Tahun 2015 Tentang Integrasi Program Studi Pascasarjana ke Fakultas di Lingkungan Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta merupakan keputusan yang visioner dalam membangun dan mengembangkan keilmuan, khususnya Ilmu Tarbiyah.